Phú Yên có nhiều làng nghề chế biến nước mắm truyền thống. Các làng nghề được hình thành trên trăm năm, trong đó phải kể đến một số thương hiệu làng nghề nước mắm lâu đời và nổi tiếng như: nước mắm Gành Đỏ (TX. Sông Cầu), nước mắm Yến, nước mắm Mỹ Quang (H. Tuy An), nước mắm Ba Lò (TX. Đông Hòa)…
Từ tháng Giêng đến tháng 2, tháng 3 âm lịch, các làng nghề chế biến nước mắm tất bật thu mua nguyên liệu là cá cơm, cá nục hối hả bước vào mùa sản xuất mới. Nước mắm truyền thống được ủ trong thùng gỗ, công thức muối mắm là 3 cá 1 muối (3 kg cá 1 kg muối)… Nước mắm chế biến theo phương pháp truyền thống phải từ 6 – 7 tháng. Đây là yếu tố quyết định đến giá trị dinh dưỡng, mùi, vị của nước mắm.
Hiện nay, nghề làm nước mắm Phú Yên được Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch công nhận là di sản phi vật thể quốc gia. Sản phẩm các làng nghề nước mắm Phú Yên đi khắp nơi trong nước, được người tiêu dùng và người dân Phú Yên thường làm quà để tặng bà con, bạn bè gần xa.